Busca sequência PAM
- Criado por
- Renato Passos, Eng. de Software
- Revisado por
- Renato Passos, Eng. de Software
Última atualização: 18 de abr. de 2026
Fórmula
NGG ≈ 1/10 bp
Sobre esta calculadora
A calculadora de busca sequência PAM é uma ferramenta online que identifica o padrão NGG em cadeias de DNA, essencial para a edição genética CRISPR-Cas9. A sequência PAM (Protospacer Adjacent Motif) NGG é reconhecida pelo SpCas9, a enzima mais comum usada no sistema CRISPR. A ferramenta procura todas as ocorrências de NGG na sequência inserida pelo usuário.
Funciona com base na probabilidade de 1 em 10 pares de bases (NGG ≈ 1/10 bp), calculando automaticamente as posições onde o padrão ocorre. É utilizada em laboratórios e pesquisas para projetar guias gRNA (RNA guia) eficientes, garantindo que o SpCas9 corte a DNA alvo com precisão.
Recomenda-se verificar se a sequência inserida é compatível com o sistema CRISPR-Cas9 e se o PAM NGG está posicionado corretamente. Em sequências grandes, o resultado pode incluir múltiplas PAMs, exigindo análise manual para eleger a ideal. A ferramenta não substitui softwares especializados, mas oferece um primeiro筛查 rápido e intuitivo.
Perguntas frequentes
O que é uma sequência PAM NGG?
PAM (Protospacer Adjacent Motif) NGG é um padrão de três bases (A, T, C, G) que o SpCas9 reconhece para cortar o DNA, essencial para o funcionamento do sistema CRISPR-Cas9.
Como a ferramenta calcula as posições das PAMs?
A ferramenta usa a probabilidade estatística de 1 em 10 pares de bases (NGG ≈ 1/10 bp) para identificar todas as ocorrências do padrão NGG na sequência digitada.
Posso usar esta calculadora para outros tipos de PAM?
Não, este modelo foi desenvolvido especificamente para o padrão NGG do SpCas9. Outros sistemas CRISPR, como SaCas9, usam PAMs diferentes (ex: NAG).
Por que as PAMs precisam estar no sentido 3' da sequência?
O SpCas9 reconhece a PAM após o RNA guia, na extremidade 3' do DNA. A ferramenta assume esse direcionamento para garantir resultados biologicamente relevantes.